Voor de bedrijfsstructuur van de Pastorie is gekozen voor een holding met een tweetal werkmaatschappijen. De ondernemingsvorm voor deze bedrijven is de Besloten Vennootschap (B.V.). De eigenaar van de personal holding vormt het bestuur en is eindverantwoordelijk voor de organisatie. De Raad van Commissarissen ziet toe op het beleid en op de gang van zaken. De bestuurder, mevrouw M. (Marjolein) Wissema, hecht veel waarde aan ‘good governance’.